Resposta:

Ela vem do Latim STOMACHUS, “garganta, estômago”, do Grego STOMACHOS “garganta, esôfago”, literalmente “abertura, boca”, de STOMA, “boca”.
Não se espante com a confusão de órgãos para o mesmo nome; isso acontecia antes de a nomenclatura anatômica ser definida.