Resposta:

Cara leitora, as palavras seguem tanto a moda como nós, seus usuários. Muitas entram em evidência a partir de fatos jornalísticos e acabam sendo vistas como sempre tendo existido.

Infelizmente não obtivemos informação sobre a data de vulgarização do uso de agendar.

E, surpresa, agendamento não consta do Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa; este não tem caráter oficial mas é respeitado como orientação das palavras existentes no idioma.