Resposta:

Ela vem de porra. E esta vem do Latim PORRUM, “alho-poró”, porque o vegetal tem um formato alongado com um bulbo ou dilatação na extremidade. Como alguns objetos duros feitos com o mau propósito de bater na cabeça alheia tinham um formato semelhante, surgiram as palavras “porra” para cacete e “porrada” para uma pancada desferida com ele.

E aporrinhar, “incomodar, apoquentar” faz  lembrar alguém tentando bater na gente.