Resposta:

JD, olá.
“Esquema” vem do Grego SKHÉMA, “forma, figura, imagem”. Passou para o Latim como SCHEMA, com o sentido de “figura”.
Atualmente, além do sentido de “desenho técnico, diagrama”, há o sentido figurado de “plano”, nem sempre dos mais honestos.
“Sistema” vem do Grego SYNISTÁNAI, de SYN-, “junto” mais HISTÁNAI, “fazer ficar em pé, estar”.
O verbo assim formado significava “manter junto”. Um sistema tem que ser um conjunto harmônico de peças (materiais ou não) que se mantenham juntas.
A PAIDÉIA ainda estou devendo. Vergonha…