Resposta:

Sim, tem a ver com as pirâmides, estruturas de substância branca da medula oblonga na base do cérebro que um dia os anatomistas acharam que lembravam uma pirâmide. E esta palavra vem do Grego PYRAMIS, possivelmente do Egípcio PYMAR, “pirâmide” mesmo.

Extrapiramidal se refere ao conjunto neuronal que não transita pelas pirâmides.

Não precisamos dizer que o prefixo extra- vem do Grego EXTRA, “externo, do lado de fora”.