Resposta:

Ela vem do Latim SCRUPULUS, “peso na consciência, ansiedade, ato de se sentir pouco à vontade”, diminutivo de SCRUPUS, “pedra de cantos afiados”.

A comparação se faz com andar com uma pedra no sapato; ter um escrúpulo não é parecido? Está ali, sempre incomodando…